Jediný Čech, jehož ostatky kdy byly uloženy v bazilice sv. Petra, se definitivně vrátily do své vlasti. Na tento okamžik posmrtně "čekal" 49 let. Nucená emigrace ho na sklonku života zavedla do Vatikánu. Papež Pavel VI. ho jmenoval kardinálem a to byla skvělá záminka, jak dostat arcibiskupa ze země. Komunistická strana už mu nedovolila návrat zpět a ani po jeho smrti neumožnila převoz ostatků. Paradoxně se mu tak dostalo pocty být pohřben po boku zemřelých papežů.
Tyfus a afrodiziaka
Silná osobnost Josefa Berana předurčila jeho osud k nepřizpůsobivosti vůči totalitním režimům. Krátce po atentátu na Heydrycha byl uvězněn a tvrdě vyslýchán gestapem v pankrácké věznici. Následně se přes koncentrační tábor Terezín dotal až do Dachau, kde vážně onemocněl tyfem.
Komunistický režim nebyl ani trochu nakloněný silným osobnostem. Josef Beran byl od roku 1946 jmenován pražským arcibiskupem a své postavení od začátku využíval proti tvrdým represím bolševické strany. Exkomunikoval několik kněží, kteří zřejmě podvratně pracovali v zájmu komunistických rozkazů.
Tím si vytvořil mnoho nepřátel, a tak začla dlouholetá šikana jeho osoby. Nikdy nebyl zavřen za mřížemi nebo v pracovních táborech, ale svobodu pohybu měl velmi omezenou. Zároveň byl pod neustálým dozorem. Pro režim byl doslova trnem v oku.
StB se léta snažila na Josefa Berana získat nebo uměle vytvořit nějaké kompromitující materiály. Zoufalá snaha vygradovala přimícháváním afrodiziaka do jeho nápojů. Estébáci doufali, že pod vlivem omamných látek se Beran s řeholnicí pustí do intimního vztahu, který by pak následně mohli natočit. Nestoudná troufalost skončila trapným debaklem. Nejenže se nic takového nestalo, ale Josef Beran dokonce odhalil příslušníka StB, který ho natáčel.
Ideály Jana Palacha
Neprůstřelně ctnostá povaha Josefa Berana přiváděla StB do zoufalství. Až do momentu, když se papež Pavel VI. rozhodl jmenovat pražského arcibiskupa kardinálem. Tento vítaný akt se totiž odehrával v Římě, kam dostal povolení vycestovat s příslibem, že se bude moci vrátit. Slib od komunisty je však jako plivnutí do oka, a tak se návrat do rodné země odložil až do roku 2018.
Veřejnosti se z Vatikánu Josef Beran připomněl projevem, který z místního rádia posílal do Československa po upálení Jana Palacha. Významně vyzdvihl ideály mladého muže, ale čin jako takový odsoudil. Ve stejném roce (1969) umírá na rakovinu plic. Člověk, jehož ostatky budou aktuálně uloženy v hlavní lodi katedrály sv. Víta, je stále veden v procesu budoucího blahořečení.
